Důležitou roli v organizaci československých vojáků v Polsku sehrálo československé velvyslanectví ve Varšavě a zejména konzulát v Krakově, kde se od března do srpna 1939 zaregistrovalo 3872 Čechoslováků (z toho tvořili 60 procent Češi, 40 procent Slováci). Většinu uprchlíků tvořili vojáci, zbytek byli další emigranti a dobrovolníci ucházející se o službu v armádě. Z někdejšího Československa prchali i někteří demokraticky smýšlející Němci, zejména sociální demokraté sdružení kolem Wenzela Jaksche, ti však využívali spíš britský konzulát v Katovicích.

Cizinecká legie volá

Čechy a Slováky v té době přijímala především Francie, Británie se k jejich potenciálnímu příchodu stavěla spíš negativně. Do Francie byli přesunováni také příslušníci československé vojenské skupiny, která byla ustavena v Krakově 30. dubna 1939 - Polsko v té době nechtělo komplikovat své vztahy s Německem tím, že na svém území nechají k Německu nepřátelské vojenské uskupení. Celkem tak od dubna do srpna 1939 odjelo z Polska do Francie šest lodních transportů s víc než 1100 muži (zejména s letci a vojenskými specialisty).

Ve Francii měli vyjednán vstup do Cizinecké legie, ze které měli být v případě vypuknutí války s Německem okamžitě uvolněni pro obnovené československé vojsko ve Francii. Vznikající československé jednotce velel nejdřív nadporučík letectva Jiří Král, pod jehož velením probíhal i přesun do Francie. 

V červnu 1939 převzal vedení krakovské skupiny podplukovník Ludvík Svoboda, někdejší legionář a v meziválečném období velitel praporu v Kroměříži. Ten předpokládal, že hlavním bojištěm nadcházející války bude německo-polská fronta, která se po předpokládaném zapojení Sovětského svazu do války změní ve frontu sovětsko-německou.

To však změnil německo-sovětský pakt, uzavřený 23. srpna 1939, jenž svým tajným dodatkem (o němž se ale už tehdy spekulovalo) dělil východní Evropu do sfér německého a ruského vlivu. Poláci se museli začít připravovat na obranu své země a po měsících nezájmu se rozhodli Čechoslováky podporovat.

Starý spor

Je potřeba si uvědomit, že předválečné Českolovensko nepojily s Polskem přátelské vazby. Důvodem byl zejména tehdy dvacet let starý spor o Těšínsko, který v lednu 1919 vyvrcholil tzv. sedmidenní válkou. Těšínsko, bohaté na přírodní zdroje, sice nebylo po první světové válce polským územím, ale prokazatelně součástí Rakouského Slezska, tedy českou korunní zemí, kterou československá vláda podle dřívějších diplomatických ujednání s vládami dohodových spojeneckých zemí považovala za součást Československé republiky, ale víc než 55 procent obyvatel na Těšínsku mluvilo polsky.

Území si proto začala nárokovat polská vláda, jež obsadila Těšín i další strategická místa. Československo odpovědělo vojenským útokem a do 30. ledna 1919 dobylo obsazené území zpět. Spor pak urovnaly vítězné mocnosti, ale nikdy úplně neuhasl.

Když v září 1938 vyvrcholil Hitlerův tlak vůči Československu, připojili se Poláci spolu s Maďarskem k Německu a začali na Československu uplatňovat územní požadavky opět. Začátkem října 1938 pak Těšínsko vojensky obsadili, což vedlo ke srážkám s jednotkami československé Stráže obrany státu i armády, které se ještě nestačily stáhnout.

Polští nacionalisté také terorizovali české obyvatelstvo, které ještě zůstalo v zabírané oblasti. Region muselo nakonec opustit přes 20 tisíc Čechů. Kruté bylo například vyhnání řady českých rodin přímo o Štědrém dnu 1938, kdy dostaly na vystěhování a odchod jen šest hodin. Ti Češi, kteří zůstali, byli polskými úřady nuceni k popolštění svých jmen.

Hitler se ale definitivním zničením prvorepublikového Československa nezastavil. V Polsku viděl životní prostor pro Němce, slovanské národy nenáviděl a měl oporu i v naladění německého veřejného mínění, jež se nikdy nesmířilo s německými územními ztrátami ve prospěch Polska po 1. světové válce.

Říšský kancléř se proto rychle vrátil k protipolské rétorice. V Polsku to mělo mimo jiné ten důsledek, že skončilo protičeskoslovenské naladění. Někteří obyvatelé vyhnaní z Těšínska se dokonce směli vrátit. Zástupci polské armády kontaktovali krakovskou vojenskou skupinu a dali jí k dispozici opuštěný pracovní tábor v Malých Bronovicích u Krakova pro ubytování a výcvik vojáků. 

Po odjezdu poslední transportní lodi do Francie a příchodu nových uprchlíků z protektorátu se koncem srpna v bronovickém táboře soustředilo asi devět set dobrovolníků, které Poláci přesunuli hlouběji do vnitrozemí, do Lešné na severovýchodě země. 

Čeští piloti v polské armádě

Poláci měli v nastalé situaci zájem především o československé letce, které se snažili získat "na smlouvu" přímo do polské armády. Během července a srpna 1939 vstoupilo do polské armády 93 československých letců, kteří v ní sloužili jako instruktoři a po napadení Polska se účastnili pozorovacích letů. 

Podle některých pramenů si čeští piloti hodili před naloděním do Francie korunou, a když jim padl orel, brali to jako znamení, aby se dali radši do služeb Poláků, protože ti měli orla ve znaku. Nemalá část tuto možnost uvítala také proto, že tak mohli na rozdíl od služby v cizinecké legii bojovat přímo ve vzduchu.

"Když jsem se dozvěděl, že minulé transporty letců, jež byly odeslány do Francie, byly určeny pro cizineckou legii, tu rval jsem si zoufale vlasy… V té chvíli přemýšlel jsem již o navrácení se domů… Od tohoto úmyslu upustil jsem, když Poláci prohlásili, že budeme přijati do jejich letectva. Po prohlášení pana podplukovníka Svobody, že naše věc je na nejlepší cestě, a po jeho náznaku, že zvláště my letci budeme moci již v nejbližších dnech splácet svým tyranům, jsem se značně upokojil," cituje server Válka.cz tehdy třicetiletého rotmistra letectva Jaroslava Taudyho. 

Na druhé straně Poláci české piloty nutně potřebovali a neváhali použít ani jistého nátlaku, viz další vzpomínka letce poručíka Vladimíra Fišera: "Před odjezdem transportu do Francie dne 18. srpna, velitel tábora podplukovník pěchoty Ludvík Svoboda prohlásil, že je nutné, aby část letců zůstala v polské armádě pro instruktorskou práci a že toto přání, tlumočené polskými představiteli, za poskytnutí útulku a organizačních možností nás k tomu zavazuje, aby alespoň polovina se přihlásila do polského letectva, nehledě k tomu, že boj v Polsku, na našich hranicích, nám dává bezprostřední možnosti zásahu."

Většina letců, kteří nakonec zůstali v Polsku, tak učinila proto, že po posledním transportu do Francie pochopili, že další už se zřejmě neuskuteční. Pravda ale také je, že účast československých pilotů v polské armádě měla přispět k opětovnému sblížení "československého" a polského národa a k tomu, aby Polsko konečně povolilo zřízení československého legionu.

Mezi těmi, co upřednostnili polskou armádu, byl i legendární český stíhač Josef František, jenž během německo-polské války plnil průzkumné a spojovací úkoly v neozbrojeném cvičném letadle RWD-8. Zažil vybombardování polské letecké základny Deblin a brzy se zapojil i do přímého boje - konkrétně šlo o to, že spolu s dalšími českými letci Josefem Balejkou a Matějem Pavlovičem shazoval ve dnech 19. a 20. září 1939 u Kamionky Strumilowe na německé kolony svazky ručních granátů. V podvečer 20. září ho sice nad Zloczowem poprvé sestřelila německá pozemní obrana, podařilo se mu ale vyváznout.

V pátek 22. září dostal rozkaz stáhnout se spolu se sedmi zbývajícími piloty letecky do Rumunska a tam se nechat internovat. První část rozkazu splnil, z internačního tábora v Rumunsku ale podobně jako řada jiných letců okamžitě uprchl a ještě v říjnu 1939 se dostal do Francie, kde opět vstoupil do služeb polského letectva.

Konečně vlastní legie

Dva dny poté, co Německo napadlo Polsko, v sobotu 3. září 1939, vydal polský prezident Ignacy Mościcki konečně dekret o utvoření "Legiónu Čechů a Slováků" na polském území. Jeho příslušníky se stalo 960 československých vojáků. Velením tomuto útvaru pověřil o dva dny později Edvard Beneš generála Lva Prchalu. 

Legie se přes nedostatečné vyzbrojení okamžitě zapojila do bojů. Mimo jiné zajišťovala protileteckou obranu u Tarnopolu, kde došlo k historicky smutnému paradoxu, že zde čelila i stíhačům Slovenského státu, kteří bojovali po boku Německa a chránili německé bombardéry.

Kvůli rychlému postupu německých vojsk byla nakonec československým vojákům nařízena ještě před polovinou září evakuace do Rumunska, kam se však dostala jen menší část z nich. Většina českého kontingentu skončila na území, které začala od 17. září okupovat sovětská Rudá armáda, a dostala se tak do sovětské internace. Po napadení Sovětského svazu Německem se tito vojáci stali zárodkem budoucího 1. československého armádního sboru, bojujícího po boku Rudé armády na východní frontě.